Hallo en welkom The Unknown, je bent hier zeker aan het goede adres voor Train Simulator en vooral op het Nederlands gerichte.

Heb zelf alleen ervaring met TrackIR (met de proclip), maar gebruik het al een tijdje niet meer voor TS, alleen met ETS2/ATS.
Met TrackIR is het voldoende om het programma zelf niet te draaien, dan kun je gewoon de muis gebruiken (rechtermuisknop ingedrukt houden om te bewegen).
Het kan zijn dat het inladen van freetrack met opstarten van Windows actief blijft en eventueel dus ervoor zorgt dat je de game niet kan bedienen met de muis.
Misschien kun je het automatisch opstarten uitschakelen dat het probleem dan is opgelost.